1979年，黎市中华基督教会为下一代子弟的华文教育，构思设立了嘉南学校。初时于教会副堂试办培幼班，第二年增设幼一。可惜因缺师资无奈办学暂停。
1983年学校复办，先有培幼班和幼一，1984年添了幼二，以后每年加办一级。课室已不敷，得教会信徒、学生家长及社会贤达贡献，经董事会策划，于新民村购置地皮建筑校舍。办一年级时，有了第一座校舍。
在生数及班级每年增加的情况下，董事会开始筹建第二座校舍。1989年在第一座校舍同地段，建立了楼下为礼堂的二层楼建筑。1991年第一届小学六年级生举行异业典礼时有了自备的礼堂。
要求办中学的呼声接踵而来，1991年6月开学时，如愿开办了中学一年级的课程，同时增加设备，如图书馆、实验室、家政室、礼堂装置音响，及后来的计算机室。
1995年3月25日，中学四年级的学生举行了中学部先驱毕业典礼。
